Ogniwa paliwowe zostały stworzone głównie z myślą o prostym pozyskiwaniu wysokiej jakości energii elektrycznej i to z pewnością jest główna zaleta tej technologii. Dostarczana w ten sposób energia jest bardzo odporna na wszelkie zakłócenia i dlatego stosowana jest dziś np. w szpitalach gdzie potrzebna jest niezawodność i stabilność urządzeń, przy zasilaniu aparatury pomiarowej i komputerów.
Dodatkowo dzięki daleko posuniętej miniaturyzacji i zwiększaniu wydajności, ogniwo paliwowe stało się nie tylko mniejsze ale i wydajniejsze od tradycyjnych źródeł pozyskiwania energii. Ponadto ogniwa paliwowe generują energię nie dzięki spalaniu paliwa lecz bezpośrednio z reakcji chemicznej zachodzącej wewnątrz urządzenia.
Dzięki temu wydajność sięga nawet 50% a dzięki kogeneracji produkcji energii elektrycznej i ciepła ich faktyczna wydajność sięga nawet 85%. Dodatkową zaletą stosowania ogniwa jest możliwość zastosowania praktycznie każdego paliwa bogatego w wodór. W odróżnieniu od tradycyjnych źródeł pozyskiwania energii oraz silników spalinowych, ogniwa paliwowe mają cechę skalowalności czyli możliwość połączenie kilku lub kilkunastu ogniw w jeden układ w celu zwiększenia ogólnej wydajności.
Możliwość ta niesie za sobą wielką uniwersalność gdyż możemy użyć jednego ogniwa do zasilenia np. komputera lub lodówki lub setki połączonych w jeden układ ogniw do zasilenia pojedynczego zakładu lub szpitala.Wymieniając poszczególne zalety ogniw paliwowych nie można zapomnieć o jednej najważniejszej - ochrona środowiska